أدان حزب المؤتمر من أجل الجمهورية، بعد متابعته لآخر التطورات في مصر، الانقلاب العسكري على المسار الديمقراطي، معتبرا ما قامت به قيادة الجيش انتكاسة في مسار الثورة المصرية ومحاولة لإعادة تثبيت النظام القديم. وحمل حزب المؤتمر، في بيانه الصادر اليوم الخميس 4 جويلية 2013، مسؤولية الانقلاب لكل النخبة السياسية المصرية، الإسلامية والعلمانية، في الحكم وفي المعارضة، لعجزها عن ايجاد التوافقات الضرورية لعبور المرحلة الانتقالية الصعبة بأكبر قدر ممكن من الإجماع الوطني والعمل على تحقيق المشاركة الواسعة في تحمل أعباء الحكم. واعتبر المؤتمر أنه من حق المصريين الاحتجاج السلمي حتى على سلطة منتخبة ديمقراطيا، ومن واجبات تلك السلطة التفاعل مع طلبات الشعب، على أن تكون الآليات الديمقراطية هي المرجع في حسم أية خلافات سياسية بين الفرقاء الوطنيين دون تدخلات أجنبية وفي إطار المحافظة على الوحدة الوطنية. وأدان الحزب كذلك حملة الاعتقالات الممنهجة ضد السياسيين والاعلاميين الرافضين لبيان قيادة الجيش وغلق القنوات الإعلامية والقمع الدموي ضد المحتجين على الانقلاب العسكري، محملا الانقلابين المسؤولية الكاملة عن أي انفلات للأوضاع ، ويعتبر أن من حق المصريين الاحتجاج سلميا على العملية الانقلابية. رأى حزب المؤتمرأن ما حصل يقدم رسالة خطيرة للشعوب العربية مضمونها إحباط كل مسار انتقال ديمقراطي وتيئيس شعوب المنطقة من الديمقراطية مع ما يفتحه ذلك من باب للفوضى والحرب الأهلية، ويدفع موضوعيا نحو البدائل الأشد تطرفا التي تلتقي كلها حول إعادة انتاج دورات جديدة من الاستبداد والقهر. واعتبر الحزب في بيانه أنّالتواطؤ الدولي مع انقلاب العسكر وصمت الأممالمتحدة عليه ودعم النظام العربي القديم له استباحة لسيادة الشعب المصري ومصادرة سافرة لإرادته في تأسيس انتقال ديمقراطي يقطع مع عودة الديكتاتورية ويحرر الشعوب العربية من حكم شبكات الإفساد والاستبداد.
